El GSN funciona sobre la base del consenso. La responsabilidad general de las actividades corresponde a los Gobiernos Parte que se reúnen una vez al año en una reunión plenaria. La presidencia rotatoria tiene la responsabilidad general de coordinar el trabajo y las actividades de divulgación.
Plenario
El Plenario del GSN puede decidir la creación de grupos de trabajo técnicos en cuestiones tales como la revisión de las Directrices del GSN, los Anejos, el Acuerdo de procedimento del GSN, el intercambio de información y las actividades de transparencia. El Plenario del GSN también puede conferir al Presidente atribuciones para el desarrollo de actividades de divulgación en países concretos. El objetivo de las actividades de divulgación es promover la adhesión a las Directrices del GSN. Además del Plenario, el GSN tiene otros dos órganos permanentes que le informan. Estos son el Grupo Consultivo (GC) y la Reunión de Intercambio de Información (RII) con presidencias que también rotan anualmente.
Troika
El Presidente actual, junto con el anterior y el futuro, constituyen la Troika del GSN.
Grupo Consultivo (GC)
El GC se reúne al menos dos veces al año y tiene la tarea de celebrar consultas sobre cuestiones relacionadas con las Directrices sobre el suministro nuclear y sus anejos técnicos.
Reunión de Intercambio de Información (RII)
La RII precede a la Plenaria del GSN y proporciona otra oportunidad a los participantes del GSN para compartir información y novedades de interés sobre los objetivos y el contenido de las Directrices del GSN.
Reunión de Expertos sobre Licencias y Medidas coercitivas (LEEM)
Bajo la supervisión del RII, la Reunión de Expertos sobre licencias y medidas coercitivas, o LEEM, analiza las cuestiones relativas a las prácticas de concesiones de licencias y de aplicación de medidas coercitivas.
Grupo de Expertos Técnicos (GET)
Es el sucesor del DMTE que, por mandato del Plenario de Budapest en 2009, desarrolló entre 2010 y 2013 una Revisión Fundamental global de las listas de control del GSN, completada para el Plenario de Praga en 2013.
Punto de Contacto del GSN
La Misión Permanente del Japón ante las Organizaciones Internacionales en Viena, que actúa como punto de contacto, lleva a cabo una función de apoyo. Recibe y distribuye los documentos del GSN, comunica las agendas de las reuniones y asiste al Plenario del GSN, a las presidencias del GC y la RII y presiden los distintos grupos de trabajo establecidos por el Plenario.